Guinea Ecuatorial se desenvuelve en el marco de una república presidencialista y unitaria, mediante el cual el Presidente es a la vez el jefe de Estado y jefe de gobierno. El poder ejecutivo es ejercido por el gobierno. El poder legislativo reside en el gobierno y la Cámara de Representantes del Pueblo.
El Movimiento para la Auto-determinación de la Isla de Bioko, que propugna la independencia de la isla bajo control bubi, es una de las consecuencias de la época inmediatamente anterior a la independencia.
Guinea Ecuatorial se convirtió oficialmente independiente de España el 12 de octubre de 1968. Desde entonces, el país ha tenido dos presidentes: Francisco Macías Nguema, el ex alcalde de Mongomo, bajo el gobierno colonial español, y Teodoro Obiang Nguema Mbasogo (sobrino de Macías), quien ha gobernado desde 1979, cuando organizó un golpe de Estado militar y ejecutó a Macías.
La constitución de 1991 de Guinea Ecuatorial da Obiang amplios poderes, incluyendo el nombramiento y destitución de los miembros del gabinete, puede crear leyes por decreto, disolver la Cámara de Representantes, la negociación y ratificación de tratados y puede convocar a elecciones legislativas anticipadas. Obiang mantiene su papel como comandante en jefe de las fuerzas armadas y de ministro de defensa, y mantiene una estrecha supervisión de la actividad militar.
El Primer Ministro es nombrado por el Presidente y opera en virtud de los poderes otorgados por el Presidente. El Primer Ministro coordina las actividades del gobierno en otras áreas, como asuntos exteriores, defensa y seguridad nacionales. Tras la llegada de Macías al poder, la actividad política cesó en gran medida en Guinea Ecuatorial. Muchos opositores se exiiaron en España y en otros lugares, agitados por las reformas, algunos de ellos habían estado empleados en los gobiernos de Macías y Obiang . Después de que las actividades políticas en Guinea Ecuatorial fueran legalizadas en la década de 1990, algunos líderes de la oposición volvieron a intentar hacer política, pero las acciones represivas han continuado de forma esporádica. Con la insistencia de las Naciones Unidas, los Estados Unidos, España y otros países donantes, el gobierno emprendió un censo electoral en 1995.
Las primeras elecciones municipales, totalmente impugnadas, se llevaron a cabo en septiembre. La mayoría de los observadores coinciden en que las elecciones fueron relativamente libres y transparentes y que los partidos de la oposición obtuvieron entre dos tercios y tres cuartas partes del total de votos. El gobierno retrasó el anuncio de los resultados y afirmó entonces una muy dudosa victoria con el 52% de los votos en general y la obtención de 19 de los 27 consejos municipales. El Consejo de Malabo fue para la oposición. A principios de enero 1996 Obiang convocó elecciones presidenciales que se celebrarían en seis semanas. La campaña se vio empañada por denuncias de fraude, y la mayoría de los otros candidatos se retiraron en la última semana. Obiang afirmó que fue reelecto con el 98% de los votos. Los observadores internacionales coincidieron en que la elección no fue libre ni justa. En un intento de acallar a sus críticos, Obiang anunció su nuevo gabinete, dando carteras de menor importancia a algunas personas identificadas por el el gobierno de la oposición.
Desde 1979, el presidente Obiang ha sido frenado únicamente por la necesidad de mantener un consenso entre sus asesores y partidarios políticos, la mayoría de los cuales provienen de la familia Nguema en Mongomo, en la parte oriental de Río Muni. La familia Nguema es parte del subclan ESANGUI de los Fang. Presuntos intentos de golpe en 1981 y 1983 levantaron poca simpatía entre la población. Bajo el gobierno del presidente Obiang, a las escuelas se les permitió volver a abrir y se amplió la educación primaria, y los servicios públicos y carreteras mejoraron, si se compara con la tiranía de Macías. Se le ha criticado por no llevar a cabo verdaderas reformas democráticas.
La corrupción y un sistema judicial disfuncional perturban el desarrollo de la economía de Guinea Ecuatorial y la sociedad. En marzo de 2001 el Presidente nombró a un nuevo Primer Ministro, Cándido Muatetema Rivas, y sustituyó a varios ministros percibidos como especialmente corruptos. Sin embargo, el presupuesto del gobierno aún no incluye todos los ingresos y gastos. Las Naciones Unidas para el Desarrollo ha propuesto un programa de gobierno de amplias reformas, pero el Gobierno de Guinea Ecuatorial no lo aplico debidamente. Aunque Guinea Ecuatorial carece de una tradición democrática bien establecida comparable a las democracias desarrolladas de Occidente, se ha progresado hacia el desarrollo de un sistema político participativo desde la anárquica, caótica, y represivas condiciones de los años Macías.
En el poder desde 1979, el Gobierno de Obiang ha avanzado poco para estimular la economía. Las condiciones extremadamente graves para la salud persisten, y el sistema educativo sigue estando en una situación desesperada. A pesar de que muchos de los abusos y las atrocidades que caracterizaron los años de Macías han sido eliminados, un estado de derecho eficaz no existe. La libertad religiosa es tolerada.
La constitución de 1982 de Guinea Ecuatorial le da al presidente poderes amplios, como el nombramiento y destitución de los miembros del gabinete, elaborar leyes por decreto, la disolución de la Cámara de Representantes, la negociación y ratificación de tratados y convocar a elecciones legislativas. La Constitución ha sido reformada en varias ocasiones, siendo la última de ellas la reforma de noviembre de 2011.El Presidente continúa con su papel de comandante en jefe de las fuerzas armadas y de ministro de defensa, y mantiene una estrecha supervisión de la actividad militar.
